Konkurs, którego celem jest finansowanie kosztów udziału w szkoleniach pracowników Uniwersytetu Jagiellońskiego – Collegium Medicum oraz pracowników Jagiellońskiego Centrum Rozwoju Leków (JCET) jest wciąż otwarty, zachęcamy do składania wniosków. Poniżej kolejne relacje laureatów. 

Pani dr hab. Mariola Olkowicz z Jagiellońskiego Centrum Rozwoju Leków wzięła udział w 2-tygodniowych warsztatach on-line „International Summer Sessions in Metabolomics” organizowanych przez UC Davis West Coast Metabolomics Center. 10-dniowy kurs obejmował następujące zagadnienia realizowane w odpowiednich blokach tematycznych: 

• wprowadzenie do biochemii komórki: znaczenie fenotypowania metabolicznego w lepszym zrozumieniu wzajemnego oddziaływania ścieżek komórkowych oraz fizjologii organizmów złożonych; w jakim stopniu metabolomika może pomóc w zrozumieniu kontroli szlaków metabolicznych? ; 

• nowoczesne rozwiązania analityczne w zakresie badań nad metabolizmem komórki; 
• celowana versus globalna analiza metabolomiczna: różnice w podejściu analitycznym, perspektywy oraz ograniczenia każdego z podejść; 
• analizy lipidomiczne w badaniach (przed)klinicznych – dyskusja potencjału nowo-rozwijającej się gałęzi metabolomiki w badaniu patofizjologii chorób metabolicznych; 
• jak efektywnie analizować złożone dane pochodzące z globalnych analiz metabolomicznych: oprogramowania typu „open-source” (Mzmine, XCMS i MS-DIAL) vs. komercyjne (Sieve, Compound Discoverer); 
• wyzwania stojące przed bioanalitykami w zakresie przetwarzania wielowymiarowych danych metabolomicznych – jak im sprostać i uniknąć błędów w analizie bioinformatycznej; 

• rozwiązania służące wiarygodnej identyfikacji metabolitów, dostępne bazy danych, wyzwania podczas identyfikacji analitów o strukturze niedostępnej w bibliotekach metabolitów; 
• analiza statystyczna podczas procesowania danych z globalnych analiz metabolomicznych, użyteczność rozwiązań typu „machine learning”, „artificial intelligence”, „deep learning”; 
• wnioskowanie bayesowskie (statystyka bayesowska) oraz moc testu statystycznego w metodologii weryfikacji hipotez statystycznych oraz planowaniu złożonych badań eksperymentalnych oraz klinicznych; 
• mapowanie ścieżek metabolicznych (wykorzystanie następujących baz danych/narzędzi: KEGG, Reactome, HMDB, oraz CPDB); 
• mapowanie sieci metabolicznych z wykorzystaniem Cytoscape, MetaMapp oraz ChemRich; 

• „case studies” – praca z danymi rzeczywistymi; rozwiązywanie problemów, które często towarzyszą analizom metabolomicznym. 

Opisywany kurs umożliwił Pani Docent nabycie wiedzy i zdobycie umiejętności w zakresie metod i technologii służących globalnemu profilowaniu metabolitów bądź lipidów, analizy zaburzeń w ścieżkach metabolicznych oraz w zakresie znajomości narzędzi bioinformatycznych służących identyfikacji zmian w sieciach ścieżek metabolicznych. Treści prezentowane podczas niniejszego kursu zostaną wykorzystane do implementacji nowoczesnych technologii analitycznych w Pracowni Analitycznej JCET. Rozwiązania powinny umożliwić pozyskanie istotnej biomedycznie informacji w zakresie analizy zaburzeń determinujących rozwój chorób o podłożu metabolicznym. 

Pani dr Katarzyna Dyląg z Zakładu Patofizjologii odwiedziła Brighton University (Wielka Brytania) i uczestniczyła w kursie Intensive Training Course in Experimental Pharmacology July 2022 prowadzonym przez prof. Paula Garda. W ramach kursu zapoznawała się z zasadami prowadzenia badań z zakresu farmakologii klinicznej, w szczególności badań na modelu zwierzęcym prenatalnej ekspozycji na alkohol (ang. prenatal alcohol exposure – PAE). Szkolenie objęło zakładanie kolonii, rodzaje możliwego modelowania ekspozycji (picie regularne, „binge drinking”), konstrukcję grupy kontrolnej, postępowanie z tkankami po zakończeniu ekspozycji, a także metodykę badań podstawowych pozwalających na ocenę konsekwencji PAE (ze szczególnym uwzględnieniem badań dot. funkcji układu moczowego). Bardzo istotny okazał się aspekt praktyczny szkolenia, podczas, którego uczestnicy pod okiem Profesora Garda przeprowadzili pilotażowy eksperyment dot. funkcji pęcherza moczowego w zależności od PAE. 
 

Pani dr inż. Monika Stefańska z Katedry Immunologii Klinicznej i Transplantologii za cel swojej podroży obrała Szkocję. Wybierając stacjonarny kurs zorganizowany przez University of Glasgow, School of Infection & Immunity pod nazwą „Glasgow Bioinformatics Summer School”.  Szkolenie odbyło się w dniach 29.08 – 02.09.2022. Program kursu obejmował wstęp teoretyczny podczas którego kursanci poznali dostępne metody sekwencjonowania i różnice pomiędzy poszczególnymi technologiami. Z kolei część praktyczna zawierała ćwiczenia z zakresu analizy danych bioinformatycznych (zarówno pochodzących z sekwencjonowania DNA jak i RNA, a także z najnowocześniejszego zastosowania – sekwencjonowania RNA na poziomie pojedynczej komórki). Podczas kursu uczestnicy mieli możliwość analizy własnych danych pochodzących z sekwencjonowania. Umiejętności nabyte w czasie kursu przyczynią się do rozwoju warsztatu analizy danych pochodzących z sekwencjonowania RNA pojedynczej komórki, co jest niezbędne do realizacji projektów własnych oraz projektów Zakładu.  

Koszty udziału w szkoleniu są finansowane ze środków Priorytetowego Obszaru Badawczego qLIFE w ramach programu strategicznego Inicjatywa Doskonałości w Uniwersytecie Jagiellońskim.