Analizy lipidomiczne określane często również mianem lipidomiki wraz proteomiką, genomiką oraz transkryptomiką zaliczone są do tzw. biologii systemowej. Oprócz wspomnianych już pozostałych gałęzi biologii systemowej lipidomika jest obecnie jedną z najdynamiczniej rozwijanych dziedzin nauki. W swoich założeniach lipidomika skupia się na ocenie ilościowej oraz jakościowej lipidów komórkowych w układach biologicznych. Dzięki zastosowaniu nowoczesnych technik badawczych takich  jak  spektroskopia fluorescencyjna, spektroskopia magnetycznego rezonansu jądrowego  oraz spektrometria mas możliwa jest identyfikacja i kwantyfikacja tysięcy komórkowych molekularnych rodzajów lipidów i ich interakcji z innymi lipidami, białkami i innymi metabolitami. Prace badawcze prowadzone w Zakładzie Biologii Molekularnej i Genetyki Klinicznej II Katedry Chorób Wewnętrznych Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego im. Profesora Andrzeja Szczeklika skupiają się głównie na zastosowaniu techniki chromatografii cieczowej z tandemową spektrometrią mas (LC-MS/MS) w badaniach lipidomicznych oceniając stężenie ponad 50 związków lipidowych i ich metabolitów. W ramach prac badawczych realizowanych w Zakładzie Biologii Molekularnej i Genetyki Klinicznej prowadzone są badania mające na celu ocenę udziału związków lipidowych w patofizjologii takich chorób jak astma, przewlekła obturacyjna choroba płuc czy autoimmunologiczne zapalenia naczyń oraz schorzenia kardiologiczne. Dodatkowo prowadzone są prace, których celem jest opracowanie nowatorskich metod oznaczania nowych związków lipidowych oraz ocenę przydatności oznaczeń lipidomicznych, jako potencjalnych biomarkerów procesów chorobowych. 

Środki pozyskane w ramach Priorytetowego Obszaru Badawczego qLIFE programu strategicznego Inicjatywa Doskonałości w Uniwersytecie Jagiellońskim  pozwoliły na rozbudowę istniejącego zestawu LCMS SCIEX QTRAP 4000 o elementy wyposażenia umożliwiające pracę systemu w szerokim zakresie przepływów oraz doposażenie zestawu HPLC w system zaworów do automatycznego przełączania kolumn (zabudowa w istniejącym termostacie). Umożliwiły również  zakup układu UHPLC i tandemowego spektrometru mas Sciex Triple Quad 5500 Plus Qtrap Ready z przystawką do spektrometrii ruchliwości jonów SELEX ION (umożliwia ona dodatkowy rozdział jonów w polu elektrycznym).

Rozbudowa obecnie istniejącego stanowiska badawczego oraz zakup nowej aparatury przyczynia się więc do znacznego przyspieszenia prac analitycznych, które Zakład Biologii Molekularnej i Genetyki Klinicznej II Katedry Chorób Wewnętrznych Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego im. Profesora Andrzeja Szczeklika  wykonuje nie tylko dla potrzeb własnych projektów, ale także w ramach współpracy z jednostkami wydziałowymi i pozawydziałowymi. 

Rozbudowa oraz modernizacja sprzętu została sfinansowana ze środków finansowych Priorytetowego Obszaru Badawczego qLIFE w ramach programu strategicznego Inicjatywa Doskonałości w Uniwersytecie Jagiellońskim.